De graven van Holland hebben het gebied met ‘de berg’ in eigendom, met name Graaf Dirk II, gehuwd met Gravin Hildegard. In een oorkonde uit 1028 wordt gesproken over de kerk Rotta, die vóór 1025 aan de Benedictijner abdij van St. Paulus te Utrecht wed geschonken. Rotta omvatte Hillegersberg en de later daarvan afgesplitste parochies en behoorde tot het Bisdom Utrecht. Er wordt van uitgegaan dat de kerk gesticht zal zijn tussen 993 en 1025.
In het platte Nederland, en in het zeer platte Zuid-Holland, is de heuvel in Hillegersberg een markant verschijnsel. De ‘berg’ is niet door mensen opgeworpen – zoals een terp in het Noorden van ons land of een Vliedberg zoals in Zeeland – maar het is een natuurlijk ontstane zandheuvel: een donk. Ontstaan uit een rivierduin uit de latere IJstijd.
Voorbeelden van vroege bewoning in deze contreien zijn bekend. In het Bergse Bos is een visfuik van wilgentenen gevonden, zeer waarschijnlijk uit een winterkamp. Datering: 4000 voor Christus. Bij de flank van de donk zijn vondsten uit plm. 2000 voor Christus gedaan. In Nieuw Terbregge zijn sporen van een volledige boerderij uit het jaar 200 jaar voor Christus gevonden.
Een verhoging, een heuvel, in moerassig gebied: daar hou je droge voeten. Een vluchtheuvel dus in een periode dat eb en vloed hun invloed hadden en deze ook liet gelden. Natuurlijk werd die verhoging de kern van bewoning. Maar nog eerder: zeg maar rond het jaar 0 bouwden de Romeinen een wachttoren op deze heuvel. In de buurt zijn resten van Romeins aardewerk en Romeinse munten gevonden. Vanaf de heuvel konden zij een groot deel van het Hellenium (Hellemeer) overzien en beheersen.
Na de oorkonden uit 993 en 1025 treffen we bewijzen aan dat rond 1250 het houten kerkje vervangen wordt door een stenen kerkje. Ter grootte van de ruimte tussen de huidige pilaren. Grote kloostermoppen uit die tijd zijn in de toren van de kerk en in de ruïne van het kasteel terug te vinden.
In 1426 werden zowel het kasteel als de kerk verwoest gedurende de strijd tussen de Hoekse en Kabeljauwse twisten. Willem Nagel, hoofdman van Jacoba van Beijeren laat weinig van de bebouwing over. Het duurt tot plm. 1500 voordat althans de kerk weer wordt herbouwd.
In de zestiende eeuw vond de Reformatie plaats. In 1573 wordt de eerste predikant aangesteld. Vanaf die tijd zijn de namen van de predikanten op de beide predikantenboorden in de kerk te lezen.
In de eerste helft van de 16e eeuw werden de zijbeuken gebouwd en de toren – nogmaals – verhoogd. De kerk kreeg toen de vorm van een ‘pseudobasiliek’. Het koor werd in 1687 vergroot en in 1856 weer vernieuwd. Tijdens het eerste oorlogsjaar – 1941- vond een grote en ingrijpende restauratie plaats. De laatste – omvangrijke – restauratie werd uitgevoerd tussen 1995 en 1997.